ในอดีตเชื่อว่าปลาทูที่จับได้ในอ่าวไทยมาจากเกาะไหหลำ แต่ปัจจุบันพบว่าปลาทูเกิดในอ่าวไทยเป็นปลาผิวน้ำ รวมกันเป็นฝูงบริเวณใกล้ฝั่ง พบเฉพาะบริเวณอุณหภูมิผิวน้ำไม่ต่ำกว่า 17 องศาเซลเซียส ความเค็มของน้ำไม่เกิน 32.5 ‰ แต่ทนความเค็มต่ำได้ถึง 20.4 ‰ จึงพบในบริเวณน้ำกร่อยได้[2] ปลาทูวางไข่แบบไข่ลอยน้ำ ไข่ที่ได้รับการผสมจะลอยน้ำอยู่ได้ ช่วงที่วางไข่คือกุมภาพันธ์ถึงมีนาคม

ต่อมาในต้นปี พ.ศ. 2555 ได้มีการเปิดเผยว่าทางกรมประมงเพาะขยายพันธุ์ปลาทูในระบบปิดได้สำเร็จครั้งแรกของโลก[3] อันเนื่องจากความต้องการบริโภคเพิ่มมากขึ้นในแต่ละปีเป็นที่หวั่นเกรงกันว่าปลาทูอาจจะสูญพันธุ์ลงได้ การนำปลาทูพ่อพันธุ์แม่พันธุ์ที่มีความสมบูรณ์แข็งแรงที่ได้มาจากทะเลในกระชังที่ขึงไว้ในบ่อดินนาน 6 เดือน ที่ศูนย์วิจัยและพัฒนาชายฝั่งสมุทรสาคร จนปลาเติบโตถึงวัยเจริญพันธุ์ จึงย้ายปลาขึ้นมาเลี้ยงในถังเลี้ยงพ่อแม่พันธุ์ในโรงเพาะฟัก โดยให้อาหารสูตรเฉพาะ และเลี้ยงในระบบกรองน้ำแบบชีวภาพด้วยเครื่องโปรตีนสกิมเมอร์ เพื่อให้ได้คุณภาพน้ำที่เหมาะสมปราศจากเมือกโปรตีนที่ตกค้าง มีการควบคุมความเค็มที่ระดับ 27-30 ส่วนใน 1,000 และควบคุมอุณหภูมิให้มีค่าคงที่อยู่ระหว่าง 29-32 องศาเซลเซียส

โดยใช้ความพยายามกว่า 2 ปี จนในวันที่ 11 กันยายน พ.ศ. 2554 แม่พันธุ์ปลาทูก็วางไข่และสามารถอนุบาลได้ในระบบปิด โดยวางไข่ครั้งละประมาณ 15,000-30,000 ฟอง และมีพฤติกรรมวางไข่แบบรวมฝูง แม่ปลาทั้งฝูงจะวางไข่เป็นระยะ ๆ ต่อเนื่องกันหลายวันไปจนหมดฤดูผสมพันธุ์

ไข่ของปลาทูเป็นแบบไข่ครึ่งจมครึ่งลอยน้ำ มีหยดน้ำมันและถุงไข่แดงเพื่อใช้เป็นแหล่งพลังงานให้กับระบบร่างกาย ไข่มีขนาดประมาณ 0.80-0.96 มิลลิเมตร ใช้ระยะเวลาในการฟักประมาณ 16-17 ชั่วโมง ถุงไข่แดงของลูกปลาเริ่มยุบและหมดไปภายใน 3 วัน ลูกปลาตั้งแต่วันแรกที่ฟักออกจากไข่ถึงอายุ 7 วัน จะกินอาหารประเภท แพลงก์ตอนที่ประกอบไปด้วยทั้งสาหร่ายสีเขียวและสีน้ำตาล ร่วมกับโรติเฟอร์และโคพีพอด จากนั้นลูกปลาจะสามารถกินอาร์ทีเมียแรกฟักและอาหารเม็ดได้[4]